Najznámejšou a najdiskutovanejšou chorobou na africkom kontinente je AIDS. Najviac obetí je v Svazijsku, v tesnom závese nasleduje Botswana. Tieto dve krajiny sú vôbec najnakazenejšie krajiny sveta. Pritom prvý prípad AIDS sa v Botswane objavil až v roku 1985. Dnes je tu podľa rôznych zdrojov nakazených od jednej tretiny do jednej polovice všetkých obyvateľov.
Africkí šamani sú rozhorčení postojom vlády a doktorov, ktorí údajne pohŕdajú ich liečiteľskými schopnosťami. Tradiční liečitelia tvrdia, že ich lieky pozostávajúce z bylín môžu zastaviť šírenie smrteľného ochorenia AIDS. "Afrika by mohla poraziť túto katastrofálnu epidémiu, pokiaľ by prijala liečivú silu rastlín," vyhlásil liečiteľ Jack Githae. Zatiaľ čo doktori požadujú priame dôkazy o tom, že byliny skutočne pôsobia, mnoho pacientov na ne nedá dopustiť. Ako uviedla Svetová zdravotnícka organizácia, v Afrike sa na liečivé rastlinky spolieha až 80 percent ľudí. V Ghane pripadá na 400 obyvateľov jeden ľudový liečiteľ, ale len jeden lekár na 12 tisíc pacientov. Podľa posledných záznamov je počet nakazených viac než alarmujúci - na africkom kontinente už prekročil hranicu 28 miliónov. (z 1997)
V menšom tieni za AIDS je malária, pričom až 85% všetkých svetových prípadov je v subsaharskej Afrike. Vedú sa intenzívne spory, na liečenie ktorej z týchto chorôb sa má dať viac dotácii.
K ďalším rozšíreným ochoreniam treba ešte spomenúť ebolu.
